Впервые острова Байкала посчитал Ян Черский — 27 островов. После Черского острова считали многие. У исследователей В. Брянского и О. Гусева получилось 33. Точная цифра до сих пор не названа, но она ближе к 33.
Остров Ольхон

Остров Ольхон (бур. название Ойхон арал. Слово Ой-хон «немного лесистый», со временем трансформировалось в Ольхон).
Длина острова 73,5 км и ширина 12 км. Ольхон расположен у западного побережья озера ближе к центру. Отдален от берега Байкала проливами Малое море и Ольхонские Ворота.
Остров Ольхон — это самостоятельный административный округ объединяющий 9 поселений. Численность жителей близится к 2 тысячам человек.
Площадь острова больше 700 квадратных километров. Песчаные пляжи сменяются скалистыми берегами. На острове растут редкие травы, лиственницы и сосны, есть реликтовый ельник.
Посёлок Хужир
Поселок Хужир населенный пункт на Ольхоне численность жителей около 1500 человек. Слово хужар — солончак и дало название посёлку. В почве много минеральных солей, поэтому растительность Хужира скудная, в основном это растения голофиты.
Чтобы лучше узнать историю Хужира и острова можно посетить Краеведческий музей имени Николая Ревякина, местного краеведа. Основан музей в 1953 году на базе школьного археологического кружка. Юные археологи нашли 20 стоянок эпохи неолита. Найденные артефакты стали первыми экспонатами музея. Сейчас в музее насчитывается более 5 тысяч единиц хранения.
В Хужире есть : Арт-галерея Ощепковых; Информационно-экскурсионный центр, где можно заказать экскурсию и получить необходимую информацию. В посёлке много частных гостиниц и турбаз, но места лучше бронировать заранее. Магазины, пункты проката, единственная АЗС на острове, ближайшая в Еланцах. В прошлом в Хужире находился самый большой на Байкале Маломорский рыбный завод, ныне разорившийся.
Скала Шаманка и мыс Бурхан
Рядом с Хужиром находится главная достопримечательность Байкала Скала Шаманка. Двухвершинная скала сложена из мрамора и известняка. В скале проходит извилистая Шаманская пещера. Длина пещеры 12 м, ширина от 3 до 4,5 метров. Высота от 1 до 6,5 метров. Вход в пещеру возможен с двух сторон: с северо-восточной и западной. В Пещере проводились шаманские обряды и ритуалы. С западной стороны на скале видно изображение дракона, это природный рисунок из камня коричневой породы. По старинным преданиям в пещере скалы Шаманки жил владыка этих мест Ольхона — Эжин, или Бурхан. Мыс Бурхан -это священное место в культуре местных народов.
С мыса Бурхан открывается красивейшая панорама на озеро и скалу. Сам мыс обнесен бревенчатым брусом, для защиты от въезда автомобилей.
«В мифах и легендах бурят Ольхон — обиталище грозных духов Байкала. По преданиям, сюда спустился с Неба Хан-Хото Бабай, посланный на Землю высшими богами. Здесь в образе белоголового орла беркута живёт сын Хото Бабая Хан-Хубуу Нойон, который первым получил дар Тенгри.»

Остров Ольхон считается сакральным центром северного шаманского мира. До сих пор у мыса Бурхан над берегом озера рядом с посёлком Хужир, трепещут на ветру ленточки на столбах коновязи -13 стражников Ольхона охраняют эти места. Коновязь сооружали и во время ритуальных обрядов, связанных с верованиями бурят. Часто в местах захоронения шаманов устанавливали высокие столбы сэргэ — для коновязи богов и духов. Это означало присутствие на этой земле хозяина.
Украшают коновязи разноцветными ленточками – хадаками или залаа. Белые символизируют чистоту и молочную пищу, священную для бурят. Синие – вечное синее небо. Желтые – солнце. Зеленые – урожай. Красные – власть и величие. Во время обрядов буряты повязывают на сэргэ залаа, чтобы попросить у духов благ. Если имеется необходимость в гармонии и душевном спокойствии, вешают синий хадак. Для плодородия, жизненной силы – зеленый, для достатка – желтый.

Таким же священным у бурят местом почитания высочайшая гора острова — Ижимей (1274 м), другое название Жима. По преданиям у подножья этой горы, якобы, прикован цепью бессмертный медведь.
Еще одна достопримечательность острова –это Курыканская стена на мысе Хоргой. В южной части острова сохранились развалины защитной стены, отсекающей мыс Хоргой. Стена сложена из камней, высота стены около 2-х метров . Остались остатки рва и земляного вала. Впервые нашел и описал Курыканскую стену Ян Черский в 1879 году.

Озеро Ханхой
На Ольхоне есть озера. Одно в средней части острова, в 10 км от Хужира. Озеро Ханхой, отделено от Байкала узкой полоской суши. Летом вода здесь прогревается до + 18 градусов. Неподалеку от озера сохранились руины ритуального комплекса, возраст которого не меньше тысячи лет. Чуть дальше другие культовые строения и захоронения, возраст которых намного старше.

Озеро Шара-Нур

В центре острова Ольхон среди гор и лесной чащи скрывается озеро Шара-Нур «жёлтое озеро». Оно известно своими целебными грязями.
Падь Узуры
На северо-восточной части острова у подножия гор Талгой и Раба находится красивейшая падь Узуры. Рядом поселок с таким же названием, в нем живет человек десять. У путешественников популярен подъем на гору Раба, который занимает два часа. За горой Талгой в паре километров возвышается скульптура, которую называют «Хранителем Байкала». Среди ветвей дерева привязаны колокола, при дуновении ветра создающие удивительно мелодичный перезвон. Сам памятник сделан из бронзы. Автор скульптуры «Хранитель Байкала» Даши Намдаков.

Острова Малого моря
Четырнадцать островов находятся в проливе Малое море. Не считая Ольхона. Это Тойник, Безымянный, Малый Тойник, Большой Тойник, Хубын, Шаргодагон, Барокчин, Баргодагон, Огой, Замогой, Ижилхей, Харанса, Мадотэ, Ядор.

Остров Огой
Самый крупный остров на Малом море — Огой. Остров имеет сильно вытянутую форму в длину 2,9 км и в ширину 0,6 км. На острове поселений нет. Интересен тем, что на нём установлена буддийская Ступа Просветления в 2005 году. Ближайшие населённые пункты — посёлки Сахюрта в 15 км и Хужир в 24 км.


Остров Замогой
Третий по величине остров Малого моря, расположен в 7,5 км от острова Огой. Площадь 0,48 квадратных км, длина 1, 11 км.

Остров Шаргодагон
Этот остров облюбовали бакланы, которые опять вернулись на Байкал. С 1959 года птица на озере не гнездилась. Сейчас можно наблюдать колонию Большого баклана (лат. Phalacrocorax carbo). Остров Шаргодагон — это белоснежная известняковая глыба длиной 50 метров, шириной 40 метров, поднимается над уровнем озера на 22 метра. Растительность скудная, представлена 6 видами сосудистых растений. В настоящее время остров — памятник природы регионального значения.

Остров Боракчин
У этого острова много названий : Боракчин, Ольтрек, Крокодил. Название Боракчин в переводе с монгольского связано с серебристыми мышами -полёвками ,обитающими на острове. Являются эндемиками Байкала. Ольтрек — второе название острова, в переводе с эвенкийского обозначает птичий остров. Чайки гнездятся прямо на камнях. Берега скалистые, высокие до 30 метров. Форма острова напоминает плывущую рептилию. Поэтому местные жители и туристы называют его Крокодилом. На севере острова есть небольшая пещера, а на юге бухта из которой можно подняться на остров.
На острове можно увидеть остатки курыканских сооружений , см. Появление человека в Прибайкалье . Также сохранились могилы шаманов, всего шесть могил, выложенных камнями в форме лодки плывущей на восток .
На острове есть база отдыха «Ольтрек». На фото можно увидеть мыс Уюга, Ольтрек, с левой стороны остров Шаргодагон. Затем Огой и на заднем плане Ольхон. 
Острова акватории Байкала
Кроме островов Малого моря есть острова которые не привязаны к крупным заливам и находятся в открытой акватории Байкала. Остров Бакланий камень вблизи бухты Песчаная, остров Бакланий, Чаячий, Лиственничный, Богучанский, Ярки, Миллионный.
Остров Бакланий камень.
Находится ближе к западной стороне Байкала в 160 метрах от Бакланьего мыса. В прошлом на острове гнездовалась крупная колония большого баклана Корморана. С начала шестидесятых годов прошлого века вид полностью исчез на Байкале. Бакланий камень — это единственный остров от поселка Листвянка до Малого моря.
Остров Ярки
Ярки – остров в северной части озера Байкал, к юго-востоку от посёлка Нижнеангарска. Остров отделен от материка устьем реки Кичеры. Длина острова 11 километров, ширина от 20 до 100 метров. К востоку от острова Ярки тянется цепочка песчаных островков, разделенных прорвами устья Верхней Ангары. Ярки и другие острова, протянувшиеся более чем на 17 километров , отделяют от Байкала дельту рек Верхняя Ангара и Кичера , которая образует мелководный залив Ангарский сор.

Ушканьи острова
Острова получили название от слова «ушкан», так сибирские народы раньше называли зайцев, хотя этих животных здесь никогда не было. «Ушканами» (морскими зайцами) поморские народы звали тюленей. Это архипелаг, состоящий из 4 островов. Большой Ушканий, Тонкий, Долгий и Круглый. Общей площадью 9,8 квадратных км.
Архипелаг появился в середине четвертичного периода. Находится недалеко от полуострова Святой Нос в средней части Байкала.

Флора и фауна островов уникальны из-за влияния озера, удалённости от «большой земли» и других факторов. Территория относится к Забайкальскому национальному парку и находится под охраной ФГБУ «Заповедное Подлеморье». Свою популярность острова получили из-за наличия экотропы на одном из них.
Посетители могут увидеть самое крупное летнее лежбище байкальской нерпы на острове Тонкий. Байкальская нерпа эндемик озера. В настоящее время, посмотреть на нерп можно при наличии разрешения, которое проверяется в «Нерпа-центре». Летом посещение открыто с июля по август, зимой, когда открывается зимняя дорога.
Кроме нерпы на Ушканьих островах обитают 44 вида птиц, из них оседлых или гнездящихся — 15 видов (по данным Лимнологического института). Такие как длинноносые крохали, монгольские чайки, сибирские пепельные улиты, белые трясогузки. Иногда над Ушканами кружат орланы-белохвосты и рыбачат бакланы.
Флора представлена 280 видами растений. Есть эндемики «Ушканья» берёза повислая выделяется тёмным цветом коры, глубокой и острой зубчатостью листьев. Лиственницы — лиственница Чекановского, в основном вековые (возрастом до 300 лет), в нижней части ствола несколько утолщённые. В конце весны цветет багульник — Рододендрон даурский. Много лишайников. Растёт шиповник — Роза иглистая, рябина сибирская, багульник болотный, шикша, брусника.
На острове Большой Ушканий находятся три пещеры в известняковых скалах. В 1927 году учеными здесь были найдены следы стоянок древних людей, некоторым останкам и орудиям труда около 5000 лет. На острове есть Бухта Пещерка, интересна тем, что ограждает её скала Слоник, каменная глыба мрамора в форме слона, опустившего в воду хобот. Пещеркой бухту называют потому, что в южной части бухты есть небольшие гроты (пещеры), которые часто служат укрытием от непогоды для охотников и рыболовов. Бухта хорошо защищена от ветров.

В 1772 году остров изучил и описал ученик Георги студент Лебедев. А в 1900 году на вершине Большого Ушканьего острова были построены маяк и домик смотрителя. В настоящее время маяк не сохранился. С 1897 года на острове работает метеостанция, старейшая на Байкале. Вначале она находилась в бухте Пещерка. Сейчас перенесена на мыс Тонкий, для метеостанции это более правильное место. На острове постоянно проживают от 2 до 4 человек, сотрудники метеостанции.
Острова Чивыркуйского залива
Чивыркуйский залив, старое название Курбуликский залив – второй по величине залив озера Байкал. Расположен на восточном побережье Байкала между материком и полуостровом Святой Нос. Площадь залива 300 квадратных километров, длина 26 километров.

В заливе находятся семь островов:
Большой Кылтыгей (Мохнатый Кылтыгей, Лохматый) -0,14 квадратных километров площадь, 730 метров наибольший размер;
Елены (Святой Елены, Онгоконский) – 0,027 квадратных километров, площадь, наибольший размер 330 метров;
Покойницкий камень (Покойничий камень, Камешек, Курбуликский, Бакланий камень западный)- 4500 квадратных метров площадь, 110 метров наибольший размер;
Малый Кылтыгей (Голый) – 0,08 квадратных километров площадь, наибольший размер 570 метров;

Большой Бакланий ( Бакланий, Шимай) – площадь 0, 21 квадратных километров, наибольший размер 1,2 километра.
Коврижка (Копёшка) –площадь 1500 квадратных метров, 50 метров наибольший размер.
Белый Камень (Камешек Безымянный, Бакланий Камень восточный)- площадь 2200 квадратных метров, наибольший размер 65 метров.

Доступ к островам ограничен, находятся на территории Забайкальского национального парка.
